当月饼机在工作时发现有物料（无论是月饼皮、馅料还是其他异物），应该按照以下步骤进行处理：

1. 立即停机：一旦发现月饼机内有异常物料，首先应立即停止机器的运行，防止物料进一步进入生产线或影响产品质量。

2. 检查物料：检查发现的物料是什么。如果是月饼皮或馅料，可能是因为投料不当或机器故障导致溢出；如果是其他异物，如工具、纸屑等，可能是清洁不当或外部污染导致的。

3. 清理和排除：

• 如果是月饼皮或馅料溢出，需要小心地将它们从机器中清除，避免对设备造成损坏。

• 如果是其他异物，需要彻底清理并找出异物来源，防止再次发生。

4. 检查设备：清理完物料后，检查设备是否有损坏或需要调整的地方。如果是因为设备故障导致物料溢出，需要及时维修。

5. 重新启动：在确认设备没有问题并且已经彻底清洁后，重新启动月饼机进行生产。

6. 检查后续产品：在机器重新启动后，应检查第一批生产出的月饼是否有问题。如果发现问题，应进一步调查原因并进行处理。

7. 预防措施：

• 加强员工培训，确保他们了解如何正确操作月饼机，并了解食品安全的重要性。

• 定期对月饼机进行维护和保养，确保其正常运行。

• 加强生产过程中的清洁和消毒工作，确保生产环境的卫生。

• 定期检查原料和半成品，确保它们没有受到污染或损坏。

通过遵循以上步骤和预防措施，可以有效地处理月饼机工作时发现的物料问题，并确保月饼生产的顺利进行。